Politiikan huomioiva epidemiamalli - Suomen Covid-19 epidemiaennuste 28.3.2020

Uusimaa eristetään tänään muusta Suomesta eli käytössä on historiallisen kovat politiikkatoimet. Aloitan itselleni epätyypillisesti suoraan lopputuloksesta eli tämä on avoimella simulaattorilla laadittu Suomen Covid-19 epidemiaennuste, jota lukija voi selata linkin takaa. Tämä blogiteksti on Suomen ensimmäinen paloittain poltiikkatoimet huomioiva ennustemalli koronaviruksen aiheuttamasta epidemiasta. Hyvä tavoite on pysäyttää epidemia.

Ennuste on laadittu keräämällä Suomen tartuntadata, sairaalahoitoon päätyneet ja kuolleet. Epidemia-aalto on arvioitu alla viitatuista kansainvälisistä julkaisuista. Tämän jälkeen kuvassa luetellut parametrit on muutettu alkuperäisestä tyhjästä simulaatiosta selittämään sairaalahoitoon tähän saakka päätyneiden määrä. Minulla ei ole substanssiosaamista arvioida muutettujen parametrien realistisuutta. Esimerkiksi kuolleisuudeksi tulee 0,25% joka matalampi kuin Saksan matalana pidetty noin 0,3%. Tähän saakka Suomessa tartunta on varmistettu pääosin ei-ikäriskiryhmiin kuuluvilta.

Suomessa virallinen ennuste epidemiasta ei huomioi nyt tehtyjä päätöksiä eikä sitä että toimet tiukkenevat. Esimerkiksi Kiinan Wuhanin epidemian kehitys ja käytettyjen politiikkatoimien suhde on laskettu auki tieteellisessä artikkelissa (Wang et al, 2020). Epidemiassa on karkeasti kolme vaihetta: 1) kun vielä ei tehty mitään 2) kun kaupunki suljettiin 3) kun toimia tiukennettiin. Tutkijat ovat laskeneet politiikan ja tarttuvuusluvun suhteet auki.

Miten Suomen epidemian simulaatio tulisi tehdä?

Se tulisi tehdä vaiheittain kuvaamaan aikaa jolloin 1) ei tehty poliittisia päätöksiä 2) vaihe valmiuslakien käyttöönoton jälkeen ja nyt 3) seuraavana vaiheena kun ravintolat on kiinni ja Uusimaa eristetty muusta Suomesta.

Keräsin eiliseen saakka varmistettujen tartuntojen ja kuolleiden lisäksi sairaalahoidossa olevien määrän seuraavaan kuvaajaan. Nyt on kulunut noin kymmenen päivää siitä kun potilaita alkoi saapua sairaalahoitoon ja eilen sairaalahoidossa oli 108 potilasta.

Suurin epävarmuus liittyy epidemian nykyiseen tilanteeseen Suomessa eli kuinka moni on saanut tartunnan. Se tiedetään että 6% testatuista on ollut positiivisia ja että Aki Linden veikkasi tartunnan saaneita olevan reilut 8000 23.3.2020. Teen oletuksen että tartunnan saaneita on kymmenen kertaa enemmän kuin diagnosoituja ja lisäksi datassa olisi neljän päivän diagnosointiviive (Zunyou, 2020).

Eli tämän päättelyketjun perusteella syntyi Suomen Covid-19 epidemiaennuste. Epidemia on simuloitu SEIR-mallilla ja sekä SEIR-mallin toteuttavalla avoimen lähdekoodin interaktiivisella simulaattorilla. Simulaatioita pääsee siis tarkastelemaan päivätasolla interaktiivisesti klikkaamalla alla olevia linkkejä

Simulaatio alkaa 1.3.2020 ja hiirellä liikuttamalla voi tarkastella tuloksia. Ennusteeseen liittyy suuria epävarmuuksia ja kaikista keskeisistä parametreista tulisi esittää herkkyysanalyysi ja todennäköisyysjakauma. Nyt olen esittänyt vain yhden ennusteen joten tällä tavalla laadittuna ennuste ei edes pyri käsittelemään kaikkia mallin epävarmuuksia.